কওমি মাদ্রাসার সর্বোচ্চ স্তর দাওরায়ে হাদিসের সনদকে স্নাতকোত্তর ডিগ্রির সমমান স্বীকৃতি দেয়ার সিদ্ধান্ত রাষ্ট্রের জন্য ভালো নয় বলে মন্তব্য করেছেন লেখক ও শিক্ষাবিদ ড. মুহম্মদ জাফর ইকবাল। সম্প্রতি একটি বেসরকারি টিভি চ্যানেলকে দেয়া সাক্ষাৎকারে বলেন, শুধুমাত্র চাপের কারণে একটি সনদ হাতে ধরিয়ে দেয়া রাষ্ট্রের জন্য ভালো নয়। তিনি বলেন, আমাদের দেশে যারা জাতীয় সংগীত গাইবে না বা মনে করছে গাওয়াটা ধর্মের পরিপন্থি, তাদেরকে আমরা সনদ দিবো এটা হতে পারে না। ড. জাফর ইকবাল আরো বলেন, তারা যদি রাষ্ট্রীয় স্বীকৃতি পেতে চায়, তাহলে আমি মনে করি তাদেরকে রাষ্ট্রীয় যতগুলো ব্যাপার আছে, সবগুলোতে রাজি হতে হবে।

তিনি বলেন, তারা (কওমি মাদ্রাসার শিক্ষার্থীরা) যেনো মানবসম্পদে পরিণত হতে পারে, সেজন্যেই তাদের ধর্মীয় শিক্ষার পাশে অন্যান্য জিনিস পড়তে হবে। এই বিষয়টা তাদেরকে (কওমি মাদ্রাসা বোর্ড) বোঝাতে হবে। গত ১৩ এপ্রিল রাতে কওমি মাদ্রাসার সর্বোচ্চ স্তর দাওরায়ে হাদিসের সনদকে স্নাতকোত্তর ডিগ্রির সমমান স্বীকৃতি দেয়ার লক্ষ্যে একটি প্রজ্ঞাপন জারি করেছে শিক্ষা মন্ত্রণালয়। এই সমমান দেওয়ার লক্ষ্যে বেফাকুল মাদারিসিল আরাবিয়া বাংলাদেশের সভাপতি (পদাধিকার বলে) ও হেফাজতে ইসলাম বাংলাদেশের আমির আল্লামা আহমদ শফীর নেতৃত্বে একটি কমিটি গঠন করে দেওয়া হয়েছে। ১১ এপ্রিল রাতে গণভবনে কওমি মাদ্রাসা সংশ্লিষ্টদের সঙ্গে প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনার এক বৈঠকে এই স্বীকৃতির ঘোষণা দেওয়ার পর একদিনের মাথায় এই প্রজ্ঞাপন জারি করা হয়।